Viešoji įstaiga VARNIŲ PIRMINĖS SVEIKATOS PRIEŽIŪROS CENTRAS buvo įkurta 1997 metais Lietuvos Respublikos Sveikatos Apsaugos Ministerijai reformuojant sveikatos apsaugos sistemą. Vietoje buvusio Telšių rajono centrinės ligoninės Varnių padalinio įkurta Viešoji įstaiga VARNIŲ PIRMINĖS SVEIKATOS PRIEŽIŪROS CENTRAS, susidedantis iš pirminės sveikatos priežiūros centro ir palaikomojo gydymo ir slaugos ligoninės.
2009 metais iš pagrindų renovuoti pastatai ir aplinka Valstybės investicijų programos lėšomis.
